La cazarrecompensas intergaláctica Samus Aran recibe una señal de auxilio procedente de los restos de una fragata que orbita alrededor del planeta Tallon IV. Al ser investigada, se descubre que la fragata es una nave de investigación de piratas espaciales en donde se llevan a cabo espeluznantes experimentos genéticos utilizando una sustancia Phazon misteriosa.